作为同属游族网络少年三国志IP的两款作品，少年三国志零与少年三国志2在核心玩法、战斗机制及养成体系上存在显著差异。最关键的区分点在于，少年三国志零采用实时策略+兵种克制的4x4布阵体系，而少年三国志2延续传统卡牌回合制并强化合击兵符系统。前者强调战场即时调控，后者侧重阵容数值搭配，这种底层设计差异决定了两款游戏完全不同的体验路径。
少年三国志零独创的128单位同屏战斗系统是其最大特色，玩家需同时操控8名主将及多支兵种部队。游戏引入轻骑、重骑、步兵等六类兵种相克机制，军师技能需手动释放，这种设计使得战局存在更多变数。相比之下，少年三国志2保持经典六人阵容自动战斗模式，战斗胜负更依赖战前培养的武将品质与合击技搭配，策略性主要体现在阵容构建阶段而非实时操作。
养成维度方面，少年三国志零的武将培养深度绑定兵种特性，红武魂系统随机决定兵种发展方向，传说武将如赵云、诸葛亮需通过特定活动获取。而少年三国志2采用更线性的神将-赤金-紫金梯度养成体系，武将获取渠道相对固定，玩家可通过心愿单系统定向培养目标角色。两者在付费设计上也呈现不同倾向，前者侧重兵种与军师搭配的多样性，后者更强调单一阵容的极限突破。
少年三国志零采用写实比例人物建模配合战场沙盘地图，技能特效侧重军团级视觉效果；少年三国志2延续系列Q版画风，角色立绘融入更多现代动漫元素，战斗演出偏向华丽的单体技能动画。这种差异使得前者更具战争模拟感，后者更符合传统卡牌游戏的视觉期待。
少年三国志零通过赛季制更新沙盘演武、巅峰论战等PVP玩法，强调策略深度迭代；少年三国志2则持续推出时空外传、名将传等PVE内容，并定期更新高阶品质武将。这种更新逻辑显示前者注重竞技体验，后者侧重收集养成。
玩家可根据偏好选择：追求战场微操与策略变化可选前者，倾向阵容构建与数值成长则更适合后者。
